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O cloridrato de doxiciclina é indicado no tratamento de diversas infecções causadas por microrganismos Gram-positivos e Gram-negativos. Entre as infecções tratadas estão a Febre das Montanhas Rochosas, febre tifoide, febre Q, varíola por riquétsia e febre do carrapato causada por Rickettsia, assim como infecções respiratórias por Mycoplasma pneumoniae, psitacose por Chlamydia psittaci, linfogranuloma venéreo, uretrite, endocervicite e infecções retais em adultos por Chlamydia trachomatis. O medicamento também é eficaz no tratamento de tracoma, conjuntivite de inclusão, orquiepididimite aguda e granuloma inguinal causados por diferentes cepas de microrganismos. Além disso, é indicado para o tratamento dos estágios iniciais da doença de Lyme, febre recorrente transmitida por piolho e carrapato, uretrite não gonocócica causada por Ureaplasma urealyticum, e infecções por Gram-negativos como Acinetobacter spp., Bacteroides spp., Fusobacterium spp., Brucella spp. (em associação a estreptomicina), Yersinia pestis, Francisella tularensis e Bartonella bacilliformis, além de infecções por Campylobacter fetus. A realização de testes de suscetibilidade e cultura é recomendada, dado que algumas cepas desses microrganismos demonstraram resistência às tetraciclinas.